Senati është organi më i lartë akademik i Universitetit, i cili është përgjegjës çështjet e përgjithshme strategjike që lidhen me kërkime, studime, mësimdhënie, kriteret për pranimin e studentëve, për zgjedhjen dhe avancimin e personelit akademik, përmbajtjen e plan programeve, sigurimin e cilësisë dhe vlerësimin etj. në përputhje me detyrat dhe obligimet e tij.

Anëtarët e Senatit të Universitetit "Fehmi Agani" në Gjakovë janë:

Prof. Ass. Dr. Drilon Bunjaku, Rektor

Prof. Ass. Dr. Kaltrina Kusari - Prorektore për Bashkëpunim Ndërkombëtar dhe Projekte

Prof. Dr. Sindorela Doli - Prorektore për Mësimdhënie dhe Çështje të Studentëve

Prof. Ass. Dr. Petrit Duraj - Prorektor për Zhvillim Akademik dhe Ngritje të Cilësisë

Prof. Asoc. Dr. Ilmi Hoxha

Prof. Asoc. Dr. Labinot Berisha

Prof. Dr. Haxhi Kamberi

Prof. Ass. Dr. Ferdi Kamberi

Prof. Asoc. Dr. Nexhmije Kastrati

Prof. Ass. Dr. Elsa Vula

Prof. Asoc. Dr. Artan Nimani

Ass. Granit Kelmendi

M.Sc. Nita Sina Pruthi, U.D. Sekretar Ex-officio

M.Sc. ​Abedin Sadrija, Udhëheqës i Zyrës për Çështje Akademike

Besmir Pepshi - Kryetar i Parlamentit Studentor

Albion Rexhaj - Student